当进行生物学评价时，应按照GB/T16886.1-2011中给出的程序开展生物学评价。
这一程序是标准编制者在生物学评价基本原则指导下设计的。因此，按该标准给出程序开展生物学评价能有效保护动物、降低评价成本和提高评价效率。
医疗器械生物学评价中应特别注意的问题
医疗器械生物学评价严格按图6-6-1的程序来进行，是正确开展医疗器械/材料生物学评价的根本保证。然而，在现实中，由于人们对此缺乏正确的认识，往往不能引起人们足够的重视，导致了出现各种错误做法。在此特提出几点医疗器械生物学评价中应特别予以注意的问题。
选择生物学试验项目时要注意的问题
对于器械和材料而言，用一套硬性规定的生物试验方法及合格、不合格指标，会出现两种可能:一种可能是使新器械和材料的开发及应用受到不必要的限制；另一种可能是产生虚假的安全感。同时应注意，对各种器械和材料都应考虑所有潜在的生物学危害，但这并不意味着所有潜在危害的试验都是必须或可行的。因此，这就要求评价者应提供有关试验选择的论证资料，尤其是要提供有关放弃试验的理由的论证资料。
评价专家在选择试验项目时，要学会应用风险分析。当认识到某项生物学危害的风险存在时，应衡量控制该危害所需付出的“代价”和给患者带来的“受益”，把危害控制在患者能够承受的现实水平。并非危害风险控制得越小越好，这就是风险管理的基本要求。在选择是否需要开展某项生物试验时，也是一个风险分析的过程。 要衡量进行某项试验的“代价”和“受益”，生物学试验的“代价”是指试验所耗用的费用(人力、财力、时间等)以及动物保护(试验人员应树立“ 动物保护”的道德观)，而生物学试验的“受益”则是指该项试验的成熟程度及试验结果的现实意义。当一项试验的“代价”大于“受益”时，就没有开展该项试验的必要。当前有些医疗器械和材料的生物学试验还不成熟，试验费用高，耗用动物量大。开展这种不成熟的试验，往往就得不出有说服力的评价结果。
另外，在选择试验项目时要注意，为了减少试验动物的消耗，最大限度地利用动物资源，宜尽可能将多项试验结合到一起来开展。比如，要将植入试验与慢性毒性试验、亚慢性毒性试验、亚急性毒性试验结合起来一起开展。