过滤除菌 通过微生物截留材料过滤的方法广泛应用于热不稳定溶液的灭菌，物理地截留溶液中含有的微生物。过滤器包含开放式或全封闭滤器。过滤介质或滤膜的有效性取决于多孔材料孔径的大小，还可能取决于过滤器对细菌吸附或过滤机制。有证据表明筛滤是其机制中较为重要的环节。应避免使用纤维抽滤器，特别是混合石棉，除非无条件采用其他过滤法。在需要纤维抽滤时，在初始过滤后接着用非纤维抽滤。
滤膜器规格—滤膜孔径的大小，由一个反映滤膜隔离规定微生物菌种的能力的比率来表示，而不由小孔的平均孔径和标准差来决定。灭菌用滤膜（用于截留主要杂质微生物），在压力不低于30 Psi（Psi每平方英寸磅，2.0巴）时，能100%的隔离107/cmi 个缺陷假单胞菌（Pseudomons diminuta，ATCC 19146）。这样的滤膜通常为0.22 μm或0.2μm。该种规格的滤膜比率也规定了试剂或介质必须经过过滤灭菌（如眼膏和十四烷酸异丙酯）、细菌滤膜（也称分析滤膜）标注的规格为0.45μm，只对较大微生物有截留能力。对0.45μm规格的过滤尚无规定权威方法，这一规格取决于制造商的常规方法、0.45 μm 能截留粘质沙雷菌（Seratia marescers，ATCC 14756）或缺陷假单胞菌培养物。测试压力变化范围从低值（对沙雷菌为5 Psi，0.33巴）到高值（50 Psi，3.4巴）。这是为无菌检测规定的，要求较充分地微生物截留。供试品只被体积小的微生物污染的可能性较小。具有非常低的过滤率的滤膜应用莱氏无胆支原体（Acholeplasma lilowmi）或其他支原体属（Mycoplasma）菌株的培养物在压力为7Psi（0.7巴）下测试，通常比率为0.1μm。当通过其他方式确定时，基于微生物截留性的比率会变化，如采用不同直径的近球形菌的截留，对特殊目的如过滤制品的性质，可选择正确比率的过滤器。一般用户通常不可能重复对过滤能力的测试，而滤膜生产厂对每一批次制造的膜都要进行微生物测试。
必须了解采用的过滤参数是否严重影响微生物截留效率，在过滤过程中也应关注产品的一致性、药品吸附、保护剂和其他添加剂、初始滤出液的内毒素含量。
过滤的有效性也受过滤溶液的微生物含量的影响，故过滤前，溶液中微生物质量的确定是过滤过程确认的一个重要方面。此外，还要确认如压力、流量和滤器的特性等过滤过程参数。所以描述过滤截留能力的另一种方法是采用对数衰减值（log reduction value，LRV）。例如在上述条件下一个0.1μm 能截留一种菌株 107个微生物的过滤器将具有不低于7个LRV。
为达到灭菌目的，常用装配有统称孔径率0.2μm或更小的膜来进行，根据确认的微生物每平方厘米滤膜表面不低于107个缺陷假单胞菌悬液的过滤来确认。滤膜过滤器在使用前应测初始的完整性，典型的测试方法是始沸点测试，扩散气流测试，压力保持测试和前向流测试。这些测试应与微生物截留相关。