菌种是无菌检验员培训基础知识之一，认识、了解、并从合法来源获得菌种，是无菌检验完整性的基础之一。菌种是从事微生物学及生命科学研究的基本材料，在医学领域中，诊断制品的制备，菌苗的生产、微生物致病性研究、药物的抑菌试验及药品微生物检验等都有一套完整的菌种。
20版药典四部 9203指导原则(P499-P500)：
-药品微生物检验用的试验菌应为有明确来源的标准菌株，或使用与标准菌株所有相关特性等效的可以溯源的商业派生菌株。
-标准菌株应来自认可的国内或国外菌种保藏机构，其复苏、复壮或培养物的制备应按供应商提供的说明或按已验证的方法进行。
-我国提供的标准菌种通常是以冻干粉的形式包装于熔封的厚玻璃容器 中。在这种容器中，微生物通常与赋形剂共存，由于缺乏生长必须的环境条件，一般呈休眠状态。
国内药品微生物检验所用的菌种代号是CMCC (F)或CMCC (B)
CMCC---中国医学菌种保藏中心
B (Bacteria)---代表细菌，F (Fungi)---代表真菌。
-大肠埃希菌[CMCC (B) 44102]
-乙型副伤寒沙门杆菌[CMCC (B) 50094]
-铜绿假单胞菌[CMCC (B)10104]
-金黄色葡萄球菌[CMCC (B)26003]
-生孢梭菌[CMCC(B)64941]
-枯草芽孢杆菌[CMCC(B)63501]
-白色念珠菌[CMCC(F)98001]
-黑曲霉[CMCC(F)98003]
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