在未普遍采用现代化的无菌隔离器技术之前，无菌室仍是最常用的无菌环境之一。
无菌室的建筑设计应充分考虑其合理布局，使用方便，操作安全等条件。
（1）布局：
①地点选择：建筑物应远离交通干道区。平房建筑时，外墙应有一段水泥地面的隔离地带；楼房建筑时，无菌室在二楼以上，应选上、下水道及其他安装适宜的位置；
②内部布局：无菌室与普通工作室必须分开并有缓冲间。普通工作室中的准备、洗涮、消毒、培养间等相对位置应合理，不要分散，并远离卫生间。此外应有更衣室和淋浴室等；
③专用无菌室：对各种检查如无菌检查、染菌限度检查及抗生素效价检验应各有专用的无菌室，不可混用，以免彼此干扰或交叉污染。对具有危险性的毒菌、毒素等检验，例如破伤风梭菌、黄曲霉毒素等的检验必须是单独使用，以便控制、防止传播。
（2）结构：
①无菌室内部应六面光滑、平整，无缝隙、不起灰、不落尘、耐腐蚀、易清洗，墙与地面、台面、墙壁之间连接处应有一定弧度，不留死角，室内不得安装上、下水道；
②室内采光面积宜大，从室外应能看到室内情况，进出口应为拉门，门与墙平齐门缝要封紧；
③室内灯的电源开关应设在室外；
④室内应有空气净化及调温装置；
⑤室内应设专用传递窗口，所有实验器材消毒灭菌处理后，通过传递窗口进入无菌间或在特制进口通道内灭菌处理后送入无菌间。