在产品微生物检测过程中，实验员们会接触到许多不同的微生物种类，以下是检测实验中常检出的微生物。
大肠菌群，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌。
人吃了大肠菌群超标的食物可能会导致：肠道传染病、食物中毒等。
霉菌，是丝状真菌的俗称，意即"发霉的真菌"，在潮湿温暖的地方，很多物品上长出一些肉眼可见的绒毛状、絮状或蛛网状的菌落，那就是霉菌。
霉菌毒素对人主要毒性表现在神经和内分泌紊乱、免疫抑制、致癌致畸、肝肾损伤、繁殖障碍等。
酵母是一些单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。吃了酵母菌污染的食品易造成食物中毒，有些免疫力低的人群亦可能发生酵母菌感染。